目前已知引起腹泻的病原体有数十种之多，但国内报告以细菌性和病毒性腹泻占多数。虽然不同自然环境和生产、生活方式不同的地区，引起腹泻病的主要病原体有所不同，但总体上居首位的是志贺氏菌及轮状病毒，第二位是肠致泻性大肠杆菌，第三位是空肠弯曲菌及沙门氏菌，第四位及第五位是非O1/非O139群霍乱弧菌，其他致泻性弧菌和小肠结肠炎耶尔森氏菌。
病毒性腹泻在感染性腹泻中占有重要的比例，其病原体包括轮状病毒、腺病毒、星状病毒、小圆病毒、杯状病毒等，目前在国内病毒性腹泻中检出的主要病原体是轮状病毒。
肠致泻性大肠杆菌目前已发现5种，即1肠致病性大肠杆菌（EPEC），引起婴幼儿水样或蛋花汤样便；2 肠产毒性大肠杆菌（ETEC）引起病人霍乱样水样便；3 肠侵袭性大肠杆菌（EIEC），病人发生细菌性痢疾样便；4 肠出血性大肠杆菌，病人早期为水样便，后为血便；5 肠集聚性粘附大肠杆菌（EAEC），该菌与小儿顽固性腹泻有关。
沙门氏菌某些菌型可致人的急性腹泻和食物中毒暴发。全球已发现2000多个菌型，我国至少已检出255个型或变异型，其中已知能引起人类致病的有57个型，主要在A～F群内，所以在沙门氏菌血清学鉴定时，可先用A～F多价O血清检查。鼠伤寒沙门氏菌感染遍及全国各地，该菌在医院儿科、产科婴儿室的交叉感染屡有报告。
致泻性弧菌为重要的病原细菌，在弧菌属中，把与O1群霍乱弧菌具有共同鞭毛抗原，生化性状类似，仅菌体抗原不同的弧菌统称为霍乱弧菌，根据菌体抗原不同，目前已编排到200个以上血清群，除O1/O139群为霍乱的病原体外，其余统称为非O1/非O139霍乱弧菌，有些能引起散发性腹泻或食物型暴发。除霍乱弧菌外，发现有多种致病性弧菌，其中拟态弧菌、河弧菌、弗尼斯弧菌、副溶血弧菌、霍利斯弧菌和少女鱼弧菌等可引起肠道感染。
近十多年来的研究证明，由空肠、结肠弯曲菌引起的肠炎分布较广，可引起人的，也可引起一些家畜或家禽的腹泻，其主要症状有发热、腹泻和腹痛，少数有呕吐，与细菌性痢疾相似，但病情较轻，本病的症状和粪便性状缺乏特征性，故确诊只能依靠病原体的分离培养和鉴定。
小肠结肠炎耶尔森氏菌病是近些年来国际上受到重视的一种新肠道传染病，在各大洲均有发现，我国已从人群、动物及外环境分离出小肠结肠炎耶尔森氏菌，证明本病在我国广泛分布，该菌主要引起急性肠炎或急性胃肠炎。
贾第虫病是由蓝氏贾第鞭毛虫所致，以儿童多见，多在夏秋季发病，该虫寄生于肠道，可引起腹泻、腹痛、吸收不良和粘液性大便。隐孢子虫能引起隐孢子虫病，该病是人兽共患疾病，呈世界性分布。
