乌干达与中国没有直航航线，疫情前主要可以通过北京、上海、广州、香港等口岸，经由迪拜、亚的斯亚贝巴、内罗毕等地转至乌干达恩德培国际机场。乌干达国有航空公司已复航，另有数家国际航空公司在乌运营，如肯尼亚航空公司、阿联酋航空公司、埃塞俄比亚航空公司、卢旺达航空公司及布鲁塞尔航空公司等。
乌干达恩德培国际机场较小，疫情前航班可直达阿姆斯特丹、布鲁塞尔、亚的斯亚贝巴、内罗毕、开罗、达累斯萨拉姆、约翰内斯堡、伊斯坦布尔、迪拜、朱巴、基加利以及金沙萨等城市。但疫情后国际航线航班受到严重冲击，许多航线已大幅裁减，一些航线明显减少班次甚至停飞。
乌干达客运系统有面的（TAXI，线路固定）、摩的（BODABODA）。城市间交通以长途大巴为主。
当地车辆靠左行驶，路况较差，中国驾照须更换为当地驾照后方可驾车。
乌干达同坦桑尼亚、肯尼亚之间可通过维多利亚湖进行水上运输，与刚果（金）之间可通过阿尔伯特湖进行水上运输。但水路交通安全性较差，经常发生船只倾覆事故。
乌首都坎帕拉市内交通主要依靠面的、摩的及自行车。其中摩的为主要交通工具，价格较低，但时常发生交通事故。
行人过街需注意避让车辆。
坎帕拉（KAMPALA）：乌干达首都和最大城市，人口约384万，位于乌干达南部地区，是乌干达的政治、经济、文化中心。
姆巴拉拉（MBARARA）：乌干达的第二大城市，人口约22万，是乌干达重要的交通枢纽和西南部主要商业中心。
古卢（GULU）：位于乌干达北部，人口约20万，主要产业为农产品加工。
金贾（JINJA）：位于乌干达东南部，人口约10万；主要产业为农业。
恩德培（ENTEBBE）：位于首都坎帕拉以南的维多利亚湖地区，人口约7万，是乌干达唯一民用机场所在地。
姆巴莱（MBALE）：位于乌干达东部地区，人口约10万。
