南苏丹历经多年战乱，各地小规模冲突时有发生，民间枪支泛滥，各地治安状况普遍较差，道路伏击、恶性犯罪事件频发。2016年7月首都朱巴曾爆发大规模武装冲突，在南中资企业员工和华侨一度撤离。来南人员应加强安全防范，保持警惕，提高自我保护意识，避免夜间外出，避免前往治安问题高发区域和冲突地区。
南苏丹气候分为旱季（约11月至次年4月）和雨季（约5月至10月）。旱季期间，降水量锐减，蝗灾、火灾多发；雨季期间，降水量较大，尼罗河沿岸地区易发生洪灾，易引发滑坡、泥石流等灾害。
1972年至2011年间，南苏丹共发生过67次里氏4.0级以上地震，包括17次里氏5.0级以上地震。地震发生次数最多的是中赤道州，共42起，占总地震数的63%。1990年中赤道州曾发生里氏7.0级地震。2016年7月初，中赤道州发生低烈度地震，有明显震感。2023年10月31日下午5点35分中赤道州首都朱巴东南62公里处发生5.0级地震，11月13日晚上8点55分南苏丹与乌干达边境发生4.9级地震，朱巴有明显震感。
南苏丹地处热带，热带传染病较多，主要是疟疾、霍乱、伤寒、痢疾等。其他传染病包括麦地那龙线虫病、昏睡病、布鲁里溃疡、血吸虫病、埃博拉、象皮病及麻风病等。南苏丹公共卫生条件极差，缺医少药，孕产妇及婴儿死亡率居世界前列。建议来南人员自带治疗疟疾、驱除蚊虫的药物及个人常用药和蚊帐。入境后，如发现身体不适，出现发烧、肌肉关节酸痛等症状，应尽快到当地医院检查就医。南疟疾、伤寒高发，如不能及时确诊，建议采取排除法，先服用自备抗疟药。南雨季蚊蝇较多，需格外重视防蚊防疫措施，建议有条件的处所定时组织喷洒灭蚊药剂。
南苏丹常年高温，各类病源微生物繁殖快，食品容易腐败变质，易引发食物中毒。易腐败变质的食品以冷荤、凉菜、剩饭和肉制品等为主，应注意低温保存、尽快食用。烹饪过程中生熟交叉污染、原料不及时冷藏、食材未烧熟煮透等，是引起霍乱、伤寒等肠胃疾病的重要原因，请务必注意烹饪卫生。
南苏丹报警求助电话777。
在受到侵害、发生火灾或者交通事故等紧急情况需要向警方求助时，可拨打南苏丹报警电话，或向附近巡逻警察、辖区警局、治安点报告，由巡逻警察或值班警察通知相关部门到现场进行处置。发生交通事故、等待警察到场时，保持冷静和友善态度，勿与当地人发生正面冲突。
遭遇意外需协助时可联系中国驻南苏丹使馆，使馆领保协助电话：00211-912386015，外交部全球领事保护与服务应急热线（24小时）：+86-10-12308或+86-10-65612308。
