马里与中国无直航，中马之间国际航空旅行须经巴黎、亚的斯亚贝巴、伊斯坦布尔等地转机。马里主要国际机场为莫迪博·凯塔·塞努国际机场，位于巴马科南郊，可供大型客机起降，目前仅与伊斯坦布尔、巴黎、亚的斯亚贝巴、卡萨布兰卡、阿尔及尔、突尼斯市、达喀尔、阿比让、洛美、利伯维尔、瓦加杜古、科托努、努瓦克肖特和科纳克里14个城市有直飞航线。
公路运输占马里交通运输量的90%。巴马科与邻国主要城市阿比让、洛美、科纳克里间有公路干线连通。须具有当地驾照方可驾车。马里车辆靠右行驶，主路车辆优先，交通规则与中国基本一致。公路运输费用昂贵，可占到商品成本的35%。
马里全国铁路总长728公里，巴马科—达喀尔铁路马里段为重要货运运输通道。2023年6月9日，卡伊至巴马科的铁路恢复通车。
尼日尔河和塞内加尔河为马里的内河通航航道，但水路运输不发达，干旱、沙漠化、河道泥沙淤积等造成通航时间不断减少，加上马里航运公司的船只年久失修，内河运输量很小。
负责内河航运经营和管理的马里航运公司，其总部设在库利克罗，目前该公司有邮船、平底驳船等各类船只数十艘。
马里私营渡河独木舟安全性差，时有翻船溺水事件发生，不建议乘坐。
巴马科市内交通主要依靠一种名为“索特拉马”（SOTRAMA）的私营面包车，票价较低（100西郎起），但安全性差，不建议乘坐。
巴马科出租车众多，但车况差，大部分为欧洲老旧奔驰车，事故频发。巴马科出租车不按公里计价收费，一般按地点收取1000到5000西郎不等。
应特别注意的是，巴马科摩托车数量多且车速过快，交通事故频发。巴马科市内交通拥堵较严重，出行需安排好时间，一般尽量避免下午4点至5点高峰时间出行。
为缓解高峰时期交通堵塞，当前库利克罗主干道一线暂时采取高峰变道措施，上午7点至9点双向车道为由东向西行驶，下午4点至7点变为由西向东行驶，请在出行前做好交通规划。
首都巴马科位于马里西南部，尼日尔河穿城而过。人口约280万，面积263平方公里，是马里的政治、经济、文化中心。
其他重要城市还有：塞古（中部重镇）、锡加索（棉花产地）、通布图（伊斯兰古城）、莫普提（水城）、加奥（沙漠城）等。
马里有四处联合国教科文组织世界文化遗产：杰内大清真寺、多贡文化遗迹、通布图清真寺和加奥阿斯基亚王陵。
