主要机场为吉布提安博利国际机场，目前运营法国航空（Air France）、埃塞俄比亚航空（Ethiopian Airlines）、也门航空（YEMENIA）、飞翔迪拜（Flydubai）、土耳其航空（Turkish Airlines）、卡塔尔航空（Qatar Airways）和吉布提航空（Air Djibouti）等航班，有国际航线前往法国、土耳其、阿联酋、卡塔尔、埃塞俄比亚、肯尼亚、索马里等国家和地区。中国至吉布提未开通直飞航线，从中国前往吉布提一般在法国、埃塞俄比亚、土耳其、迪拜或多哈中转。
机场往返市区可乘坐私营巴士或出租车。
吉布提首都吉布提市与埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴有亚吉铁路相连，2018年1月1日已实现通车。
吉国内交通以公路为主，汽车靠右行驶。重要路口依据交通信号灯行车，红灯时不能右拐，机动车须礼让行人，支路车让主路车，拐弯让直行，左拐让右拐，无主次道之分，十字路口原则让右行，转盘外让转盘内，拥堵路段交替通行。
吉布提市市区路况较好，内陆地区很多路段为沙石路，只有越野车能通行。
吉布提租车较方便。居留半年以上的外国人可以向车管所申请换领当地驾照。中国驾照可换领吉布提驾照，但来吉布提前须在国内办好驾照翻译件公认证，并根据当地主管部门要求提供有关材料。
驾车注意事项：在不熟悉情况时，行车宜多避让；当地出租车司机和私营巴士存在突然停车、不打转向灯或打反转向灯的情况，所以行车时务必与其保持一定车距；夜间行车要放慢车速。
吉布提市跟埃塞俄比亚之间由1号公路相通，但此路仅两车道，部分路段高低起伏，路上多为来往吉-埃的集装箱货车和油罐车，车祸多发。在此路上行驶请一定控制车速，谨慎超车。
有渡轮连接吉布提市和塔朱拉地区。
吉布提市内交通主要依靠私营巴士和出租车。外国人极少坐巴士，乘坐出租车对外国人存在宰客现象，请注意事先谈好价钱，下车时带好行李物品。
吉布提市中心道路纵横交错，多单行线，但通常无明显禁行标志，可根据路边车辆停靠的方向判断行车方向。
全国共分１个市和5个地区：首都吉布提市(Djibouti-ville)、塔朱拉地区(Région de Tadjourah)、奥博克地区(Région d’Obock)、阿里萨比赫地区(Région d’Ali-Sabieh)、迪基勒地区(Région de Dikhil)和阿尔塔地区(Région d’Arta)。
首都吉布提市是全国政治、经济、文化中心。
