1、病原治疗
急性期进行抗锥虫治疗，可降低锥虫血症，缩短临床病程并降低急性期死亡率。急性期患者应及早进行抗锥虫治疗。有效药物为硝呋莫司，成人8～10mg/kg/d，分四次口服；1～10岁儿童，15～20mg/kg/d,分四次口服；11～16岁儿童12.5～15mg/kg/d，分四次口服，疗程为3～4个月。或苯硝唑5～7mg/kg/d，疗程为2个月。长期服用两药有较强副作用，包括皮疹，胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛等及神经系统症状，如失眠定向力障碍、感觉异常、多发性神经炎等。停药后不良反应可逐渐消失。而隐匿期及慢性期是否该行抗锥虫治疗，至今仍存在较大争论，部分实验表明抗锥虫治疗可改善预后。
2、对症治疗
频发室早的患者可给予抗心律失常药物，如胺碘酮；完全心脏传导阻滞可安置心脏起搏器，病情严重者可行心脏移植；巨食管早期可行气囊扩张术，病情较重患者可行肌切除术；巨结肠早期可使用缓泻药或灌肠，病情严重者可行结肠部分切除术。
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