克氏锥虫属肉足鞭毛门，鞭毛亚门，动鞭毛纲，动基体目，锥虫属。克氏锥虫在它的生活史中，因寄生环境不同而有三种不同形态，即无鞭毛体、上鞭毛体和锥鞭毛体:
①无鞭毛体：存在于人体或哺乳动物的细胞内，球形或卵圆形，大小约2.4～6.5μm，具核和动基体，无鞭毛或有很短鞭毛，可形成假囊。
②上鞭毛体：存在于传播媒介锥蝽的消化道内，纺锤形，长约20～40μm，动基体在核的前方游离鞭毛自核的前方发出。上述两种类型均可进行二分裂繁殖。
③锥鞭毛体：存在于血液或锥蝽的后肠内（循环后期锥鞭毛体），外形弯曲如新月状，长宽11.7～30.4μm×0.7～5.9μm，游离鞭毛自核的后方发出。侵入宿主细胞或吸血时进入锥蝽消化道。本期虫体不进行增殖。
克氏锥虫分为两型，即克氏锥虫Ⅰ型和克氏锥虫Ⅱ型。尽管两型锥虫均使人致病，但克氏锥虫Ⅰ型主要感染有袋类动物，参与野外传播循环；克氏锥虫Ⅱ型参与家庭传播循环。克氏锥虫Ⅱ型又分为Ⅱa，Ⅱb，Ⅱc，Ⅱd，Ⅱe五个亚型，其中Ⅱe中的CL Brener亚群已完成基因组测序。其含有60372297个碱基，其中G+C占51%，单倍体基因组约含12000个基因。
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