应遵循及时、足量、规则用药的原则，根据不同病情采用相应的治疗方案。
治疗药物应根据各地药源及淋球菌对抗生素敏感情况，参考国家标准推荐的治疗方案进行选择。性伴如有感染应同时接受治疗。疗后进行随访判愈。判愈标准为治疗结束后两周内，在无性接触的情况下：（1）症状和体征全部消失，（2）治疗结束后4～8天内从患病部位取材，作涂片和培养均为阴性。
特异治疗：
对尿道、宫颈、直肠和咽部淋球菌感染推荐用：头孢曲松250mg，一次肌注；或环丙沙星500mg，一次口服（孕妇、儿童及肝肾功能障碍者忌用）；或多西环素100mg，每日2次，共7日（孕妇禁用）；或阿奇霉素1g，一次口服；或大观霉素2g（宫颈炎用4g），一次肌注。对淋球菌眼眼炎以及播散性淋球菌感染上述药物应加大剂量和延长疗程。
由于过敏、不能耐受或妊娠等禁忌，不能应用头孢菌素、喹诺酮类或四环素类者应以大观霉素治疗。同时感染艾滋病病毒者治疗与未感染者相同。为预防同时存在的沙眼衣原体感染，用上述药物治疗后，可继续按非淋菌性尿道炎（宫颈炎）治疗。
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