在最初的马来西亚和新加坡疫情期间，大多数人类感染因直接与病猪或其受污染的组织接触而导致。据认为，该病毒通过呼吸道产生的飞沫、与猪的喉咙或鼻腔分泌物接触，或与染病动物的组织接触进行传播。
在孟加拉国和印度的疫情中，食用被受感染果蝠尿液或唾液污染的水果或水果产品（如椰枣原汁）是最可能的感染源。
在孟加拉国和印度后来发生的疫情期间，尼帕病毒通过与患者的分泌物和排泄物密切接触直接人传人。据报告，在印度西里古里，病毒还在一所卫生保健机构内部传播，其中75%的病例发生在医院职员或就诊者中间。2001至2008年，孟加拉国报告的病例约半数由人传人所致。
