已有研究报道寨卡病毒与胎儿中枢神经系统畸形有关。2016年12月15日，《the New England Journal of Medicine》上发表了一篇研究文章。为了归纳孕妇和婴儿齐卡病毒相关疾病谱的特征，研究人员随访了里约热内卢的患者来描述母亲的临床症状和急性寨卡病毒感染对婴儿的影响。
研究者招募了在之前5天内发生皮疹的孕妇，并通过逆转录聚合酶链反应检测参与者血液和尿液标本中寨卡病毒情况。研究人员前瞻性地随访了这些妊娠妇女以获得妊娠和婴儿结局的数据。
在215年9月至2016年3月期间共有345名妇女被招募入研究；其中，182名妇女（53%）血液、尿液或两者中检测到寨卡病毒呈阳性。急性寨卡病毒感染的时间为6～39孕周，孕妇主要的临床特征包括瘙痒的降斑疹或斑丘疹、关节痛、结膜充血和头痛；27%患者有发热（短期和低度）。
到2016年7月，共有134例寨卡病毒感染孕妇和73例无寨卡病毒感染孕妇完成妊娠，其中有125例寨卡病毒感染孕妇和61例无寨卡病毒感染孕妇有已知的结局。42%无寨卡病毒感染的妇女发生切昆贡亚病毒感染，而寨卡病毒感染的妇女发生切昆贡亚病毒感染的比例只有3%（P＜0.001）。两组中胎儿死亡率均为7%，在寨卡病毒阳性的女性后代中总的不良后果比例为46%，而在寨卡病毒阴性的女性后代中为11.5%（P＜0.001）。在有116名寨卡病毒阳性妇女生出的117个活产婴儿中，研究者发现42%的婴儿有严重异常的临床、脑成像结果，或两者都有；包括4名小头畸形婴儿。无论孕妇在哪个妊娠时期感染了寨卡病毒，不良结局均较为明显（在妊娠早期感染的孕妇有55%出现不良结局，在妊娠中期感染的孕妇有52%出现不良结局，在妊娠晚期感染的孕妇有29%出现不良结局）。
由此可见，尽管母亲的临床症状较为轻微，但妊娠期间寨卡病毒感染对胎儿有害，并与胎儿死亡、胎儿生长受限以及一系列的中枢神经系统异常有关。
